Na území CHKO Třeboňsko je vyhlášeno celkem 32 maloplošných zvláště chráněných území. 

V kategorii národní přírodní rezervace je vyhlášeno:

NPR Červené blato - podhorské rašeliniště s rozlehlými porosty borovice blatky a rojovníku bahenního

NPR Stará a Nová řeka - mokřadní srdce Třeboňska

NPR Velký a Malý Tisý - Pestrá mozaika otevřených vodních ploch a na ně navazujících společenstev mokřadní vegetace

NPR Žofinka - území podmáčených rašelinných lesních porostů

V kategorii národní přírodní památka  je vyhlášena:

NPP Ruda -  slatiniště s vývěry železitých vod

NPP Vizír - na první pohled nenápadný rybník schovaný v rozsáhlém lesním komplexu

NPP Kaproun - svahové prameniště se vzácnou orchidejí leží mimo CHKO Třeboňsko 

V kategorii přírodní rezervace jsou vyhlášeny:

PR Bukové kopce -  zachovalý původní typ lesa

PR Dračice - na Třeboňsku jedinečný balvanitý kaňon divoké říčky Dračice

PR Horní Lužnice - rezervace chrání výjimečně zachovaný přirozeně meandrující tok Lužnice

PR Horusická blata - neprostupné mokřady ve výtopě rybníka

PR Losí blato - lesní rašeliniště s borovicí blatkou

PR Na Ivance - řeka Lužnice přirozeně meandruje úzkou říční nivou

PR Olšina u Přeseky - olšina s ďáblíkem bahenním

PR Písečný přesyp u Vlkova - odkrytá písečná duna

PR Rašeliniště Hovízna - rašeliniště na pramenných vývěrech

PR Rašeliniště Pele - zrašelinělá potoční niva a výtopa rybníka

PR Rod - rybník s rašeliništěm

PR Ruda u Kojákovic - mozaika mělčin, stok a menších ostrůvků v části rybníka Ruda u obce Kojákovice

PR Rybníky u Vitmanova - rybníky s kolonií kormorána velkého

PR Staré jezero - rozsáhlý rybník s mnoha ostrovy a členitými břehy

PR Široké blato - vytěžené plochy s regenerujícím rašeliništěm

PR V Luhu - porost tvrdého luhu se zbytky odstavených ramen řeky Lužnice

PR Výtopa Rožmberka - mokřad podél vtoku řeky Lužnice (Staré řeky) do rybníka Rožmberk

PR Záblatské louky - podmáčené rašelinné louky

V kategorii přírodní památka je vyhlášeno:

PP Branské doubí - pozoruhodný dubový porost na okraji Třeboně

PP Hliníř - menší rašeliniště s řadou mělkých tůněk navazující na rybník

PP Kozí vršek - bývalá pastvina s koniklecem jarním

PP Krabonošská niva - opuštěné louky při vtoku Lužnice do České republiky

PP Kramářka - těžebna vrácená přírodě

PP Pískovna u Dračice - území má charakter pouštní či polopouštní oblasti

PP Slepičí vršek - písečná duna

PP Soví les - jehličnatý les na podmáčeném rašelinném místě bývalého rybníka Hrádeček